La biodiversité s’organise en écosystèmes complexes, regroupant milieux physiques, communautés végétales et animales…. que l’on peut définir à grands traits comme « milieux naturels »
Ceux-ci peuvent être caractérisés par leur végétation. Dans des conditions initiales (nature des sols, climat, ressource en eau…) des plantes s’installent qui constituent des groupements végétaux (associations, alliances …) Elles contribuent à modifier le milieu. De nouvelles plantes peuvent alors prendre place, de nouveaux groupements apparaissent… A très long terme s’installe un climax, association végétale dont les individus qui la composent vivent et meurent, mais dont la composition statistique reste stable.
En Bugey il n’y a plus de milieux « naturels » qui ne soient plus ou moins marqués par l’intervention humaine….